Majlis Daerah Beaufort dipengerusikan oleh Pegawai Daerah Beaufort dan barisan seramai 20 orang Ahli-ahli Majlis Daerah yang dilantik oleh Menteri Kerajaan Tempatan dan Perumahan Negeri Sabah yang mana bertanggungjawab keatas penggubalan dasar serta membuat keputusan bagi perkara-perkara yang berkaitan dengan dasar-dasar Majlis Daerah Beaufort. Dalam hal-hal yang berkaitan dengan pelaksanaan dasar dan pentadbiran diketuai oleh Pegawai Eksekutif dengan dibantu oleh seorang Penolong Pegawai Eksekutif dan Lima orang Ketua Bahagian.